Μετά την ένταξη της Κύπρου στην Ευρωπαϊκή Ένωση τα θέματα ασφάλειας και απρόσκοπτης διακίνησης των επιβατών σύμφωνα με τις απαιτήσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης έχουν αποκτήσει ακόμα μεγαλύτερη σημασία για τα κυπριακά λιμάνια που αποτελούν την «πύλη» της Ευρωπαϊκής Ένωσης στο νοτιοανατολικό άκρο της, σε μια ιδιαίτερα ευαίσθητη περιοχή.

Μέσα στα πλαίσια αυτά η Αρχή έχει προχωρήσει σε ενδυνάμωση του ανθρώπινου δυναμικού της, καθώς επίσης του εξοπλισμού των υπηρεσιών φύλαξης των λιμανιών. Η παρακολούθηση της θαλάσσιας περιοχής, γίνεται με προηγμένο τεχνολογικό εξοπλισμό που εγκαταστάθηκε στο λιμάνι της Λεμεσού και σύντομα θα εγκατασταθεί και στο λιμάνι της Λάρνακας. Τα λιμάνια της Κύπρου είναι μέσα στα πρώτα 33 σε όλο τον κόσμο που έχουν πετύχει πιστοποίηση με βάση το Διεθνή Κώδικα για την Ασφάλεια των Πλοίων και των Λιμενικών Εγκαταστάσεων (ISPS) που τέθηκε σε εφαρμογή από την 1.7.2004 και που αφορά την ασφάλεια των λιμενικών χώρων και υπηρεσιών. Επίσης η Αρχή έχει συμμορφωθεί πλήρως με τις πρόνοιες του Κανονισμού 725/2004 που αφορά τη ναυτιλιακή ασφάλεια και την ασφάλεια των λιμενικών εγκαταστάσεων.

Η Αρχή τα τελευταία 4 χρόνια έχει προβεί σε σημαντικές επενδύσεις στον τομέα της ασφάλειας οι οποίες υπολογίζονται στο £1   εκ. Τα μέτρα ασφάλειας που έχουν εισαχθεί στα λιμάνια περιλαμβάνουν την έκδοση δελτίων εισόδου σε όλους τους εισερχόμενους στους λιμενικούς χώρους, την εγκατάσταση Κλειστού Κυκλώματος Παρακολούθησης ( CCTV ) για συνεχή παρακολούθηση των λιμενικών χώρων, την ενδυνάμωση του προσωπικού ασφαλείας των λιμανιών και την αγορά εξοπλισμών έρευνας ατόμων και οχημάτων.