Με την ίδια αυξημένη ευαισθησία και με έντονο συναίσθημα ευθύνης απέναντι σε ένα ήδη παγκόσμια βεβαρημένο περιβάλλον, αντιμετωπίζει η Αρχή τα διάφορα περιβαλλοντικά θέματα μέσα στους λιμενικούς χώρους.

΄Οπως ήδη αναφέρθηκε, η Αρχή έχει αρχίσει την μελέτη για εφαρμογή προγράμματος περιβαλλοντικής διαχείρισης (Ecoports Foundation). Πρόκειται για ένα ερευνητικό αλλά ταυτόχρονα και αναπτυξιακό πρόγραμμα το οποίο χρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή ΄Ενωση και σκοπό έχει το κάθε λιμάνι να μπορεί να αντιμετωπίζει τα περιβαλλοντικά θέματα που το απασχολούν με οικονομικά βιώσιμες επιλογές.

Για το σκοπό αυτό έχει αρχίσει να εφαρμόζει σταδιακά τον Κώδικα Περιβαλλοντικής Πολιτικής, ο οποίος καθορίζει τις βασικές αρχές διαχείρισης περιβάλλοντος που μπορούν να εφαρμοσθούν στα λιμάνια με στόχο να δημιουργήσει η ίδια η Αρχή τον δικό της περιβαλλοντικό σχεδιασμό που θα καλύπτει τις ανάγκες της.