Το Τμήμα Ρύθμισης Λιμενικών Θεμάτων της Αρχής είναι υπεύθυνο για την εφαρμογή των Νόμων, Κανονισμών, Οδηγιών και Εγκυκλίων που αφορούν στη διαχείριση και λειτουργία των Λιμένων σχετικά με θέματα όπως:

• Ρύθμιση και έλεγχος των σκαφών, VTS (Vessel Traffic Services)
• Ρύθμιση και έλεγχος της διακίνησης και αποθήκευσης εμπορευμάτων
• Διαχείριση εκρηκτικών και επικίνδυνων φορτίων
• Ασφάλεια (Security) και προστασία των λιμενικών λειτουργιών/επιχειρήσεων περιλαμβανομένου του κώδικα ISPS
• Ασφάλεια και Υγεία (Health & Safety)
• Περιβαλλοντικά θέματα σχετικά με τη λειτουργία των λιμένων
• Κανονισμοί πλοηγήσεων, ρυμουλκήσεων και αγκυροβολίου
• Πιστοποίηση πλοηγών
• Πλάνα έκτακτης ανάγκης
• Έλεγχοι και επιθεωρήσεις για σκοπούς συμμόρφωσης
• Διαχείριση και επίλυση παραπόνων σε θέματα που εμπίπτουν στις αρμοδιότητες του Τμήματος.
• Μηχανισμοί επιβολής κυρώσεων

Έχει την ευθύνη για ετοιμασία και υποβολή εισηγήσεων για νέους ή τροποποιητικούς λιμενικούς Κανονισμούς, Διατάγματα, Οδηγίες και Εγκυκλίους σε ζητήματα σχετικά με τη διαχείριση και λειτουργία των Λιμένων, λαμβάνοντας υπόψη σχετικές διεθνείς απαιτήσεις, τάσεις και καλές πρακτικές καθώς και Νόμους και Κανονισμούς άλλων αρμοδίων Αρχών της Κύπρου.

Επικοινωνεί με Υπουργεία και άλλες Δημόσιες Αρχές και Υπηρεσίες αρμόδιες για ρυθμιστικά θέματα σχετικά με τη διαχείριση και λειτουργία των Λιμένων καθώς και με άλλα οργανωμένα σύνολα.

Συνεργάζεται με άλλα Τμήματα, Διευθύνσεις, Υπηρεσίες, λιμενικούς φορείς και χρήστες για την ανάπτυξη και εφαρμογή σχεδίων έκτακτης ανάγκης.

Σε γενικές γραμμές το Τμήμα Ρύθμισης έχει τον εποπτικό ρόλο για την εύρυθμη λειτουργία όλων των Κυπριακών λιμανιών.